Само название озера Иссык-Куль, означает «горячее озеро». Однако кто хоть раз бывал на Иссык-Куле знает, что его вода, далеко не так горяча, даже в самый разгар лета. Название произошло, вероятно, оттого, что озеро зимой не замерзает, а в наиболее суровые зимы оно интенсивно парит. От воды поднимаются клубы пара, создавая иллюзию кипения воды. Озеро не замерзает благодаря громадному объему воды и интенсивному перемешиванию, из-за чего тепло равномерно распределяется по всей водной массе.
Летом в озере Иссык-Куль прогревается только относительно тонкий (до 50—100 м) поверхностный слой воды. Наиболее сильно прогреваются мелководные, защищенные от прямого воздействия вод открытого озера прибрежные участки. В таких местах температура воды может достигать 24—25°. Такую температуру можно считать максимальной для всего озера. Эти участки можно найти по северному берегу, особенно на востоке. При движении к центру озера температура поверхностных вод понижается. Понижается она и при погружении вглубь. Это можно ощутить непосредственно. Летом обычно на поверхности и у самого пляжа вода приятна для купания, но стоит нырнуть на 2—3 метра, как сразу же чувствуется резкое охлаждение воды, хотя ее температура при этом ниже поверхностной всего на 1—2°.
Понижение температуры происходит и на поверхности озера Иссык-Куль, если начинает дуть ветер. Теплая поверхностная всегда сгоняется ветром, а на ее место поднимается более холодная глубинная вода. Именно поэтому после сильного шторма часто в течение нескольких дней купание доставляет меньше удовольствия, потому что вода становится холоднее.
Зимой почти вся масса озерной воды имеет одинаковую температуру около 4°. У берега озера Иссык-Куль, особенно на востоке и западе, вода переохлаждается до температуры 0,8— 1,2°, и здесь возникает описанный выше термический бар. Замерзает зимой только бухта Тюп и небольшие бухты по северному берегу Иссык-Куля. В суровые зимы замерзает Покровская бухта и небольшая часть Рыбачинского залива.